En 1999 los Islotes de Puñihuil fueron declarados Monumento Natural porque son un lugar importante para la reproducción de una colonia mixta de pingüinos de Humboldt y de Magallanes, un fenómeno que no se puede observar en muchos lugares en Chile. Además albergan varias otras aves y también nutrias del mar.

Para proteger este ecosistema los paseos en bote son regulados por una ordenanza municipal que limita la cantidad de salidas por día.

In 1999 the 3 little islets of Puñihuil were declared Natural Monument because they are an important site for the reproduction of the Humboldt and the Magellanic penguins. A mixed penguin colony like this is not very common in Chile. In addition, the islets are the habitat for several other birds and also marine otters.

In order to protect this particular eco system, the boat trips are operated in accordance with a local regulation which limits the
number of tours per day.